刑事訴訟程序改採當事人進行主義，可確保審判機關之超然中立，以及起訴機關與犯罪嫌疑人訴訟法上地位之平等，進而實現起訴機關與審判機關功能上完全分立之目標。惟因採行當事人進行主義之訴訟模式，勢將造成法院審理刑事案件之重大負擔，是應兼採包括檢察官擁有廣泛之起訴裁量權以及認罪協商等配套制度，不過採用此等配套制度時，除考慮其可疏減訟源，提昇法院裁判品質之優點外，似亦應重視該等制度採行後，可能發生之重罪輕罪化，輕罪無罪化之現象，而對於被害人之情感以及國民法感情之巨大影響。因此本會認為，刑事訴訟程序固應改採當事人進行主義方足以治癒現行司法沉痾，惟在考量配套制度時，仍應在不悖離國民法感情之前提下為之，始為適當。
現行刑事訴訟法規定，檢察官起訴時，應一併送交卷宗及證物。此種規定，除使法院於審判前預先接觸對被告不利之證據，導致法院產生預斷偏見之危險外，實未見有何實益，而此自然有違人權保障之世界潮流。因此，為確保法院之中立，使被告能獲公平審判，刑事訴訟程序自應改採起訴狀一本主義。
為加強第一審認定事實之功能，應配合之具體措施如下：
第一審採合議制，由三位以上之法官全程參與調查證據及審判之程序，並採連續、集中審理。
限制候補法官參與審判。
檢察官應全程參與審判程序，到庭實行公訴，克盡舉證責任。
除法律列舉之特殊情形外，證人非於法官面前所為陳述，不得作為證據。
原則上，證人或鑑定人未經當事人及辯護人之詰問，其之證言或意見，不得採為判決之依據。
犯罪嫌疑人、被告、辯護人、檢察官及自訴人於偵查中及第一次審判期日前經法院許可，有請求保全證據權利，於審判中有聲請法院調查證據權利。
檢察官實施搜索、扣押、勘驗時，辯護人得在場並陳述意見。
提昇檢、警、調之科學辦案能力，如全面之專業鑑識人才、設備之建立，目擊證人或被害人對犯罪嫌疑人、被告非接觸式、選擇式指認設備之設置等。