檢察官並非法官，檢察機關屬司法行政機關，基本上為行政權之一環，是憲法上對於法官身分及職務保障之規定應不適用於檢察官。不過檢察官在代表國家實現具體刑罰權的過程中，以及以公益代表人角色參與民事案件進行時，均負有發現真實及保障人權之義務，在此義務之下，檢察官與法官同樣負有實現司法正義之職責，享有不受恣意干涉之地位，因此一般公務員之被要求上令下從之服從義務在檢察官雖有其適用，但應有其分際，亦即檢察總長及檢察長依據檢察一體原則，對所屬檢察官行使其指揮監督權、職務介入權及職務移轉權時，必須係為有效追訴犯罪及保障程序正義之目的，在此目的之外，發動上開權限，均屬對檢察官職責之恣意干涉，有違設置檢察官職務之目的。檢察官對於此種恣意干涉擁有陳述其意見，以及對特定機關聲明異議之權利，因此檢察總長及檢察長發動上開權限時，必須以書面附具理由，俾供事後客觀檢視其正當性。
檢察體系內部雖為有效追訴犯罪而有一體原則之適用，惟檢察體系外部必須獨立，以避免政黨利益不當影響檢察功能之發揮，而欲求檢察外部獨立，必須檢察總長改由總統提名，經立法院同意後任命，並應有一定任期。
現行檢察署隨各級法院配置結果，饒富經驗之資深檢察官反居於二線，在一線實施偵查之檢察官則多為資淺而無經驗者，此非有效之人力規劃，此外隨法院審級配置各級檢察署，亦使得公訴案件不能由特定檢察官專責追訴到底，實質影響檢察官實行公訴職權之發揮，故檢察署應單純依地域設置，並於行政院下設檢察總署，現行最高法院檢察署及各高等法院及其分院檢察署應予廢除，並將檢察體系設為二級。
檢察總長須經國會同意並有一定任期後，檢察內部人事應使其常軌化、民主化，是應成立檢察總署人事審議委員會，其委員中半數以上以民主方式推選產生，各檢察署並應常態性地召開檢察官會議，其組成方式、職權及地位以立法方式明定之。
檢察官之評鑑方式及懲戒程序比照法官制度之規定。
、檢察官為偵查程序之主體，惟司法警察人員有先行調查權限，即於檢察官介入偵查前，司法警察人員為調查程序之主體。
檢察官對於司法警察先行調查之案件，不必介入，惟一旦介入，即進入偵查程序，由檢察官以偵查主體地位負實施偵查之責任，此時檢察官仍得指揮及命令司法警察人員進行或協助調查。
檢察官對於司法警察人員先行調查後移請偵辦之案件，或由其指揮、命令司法警察人員進行調查之案件，認為司法警察人員之調查結果未完備或調查未有進展，得限定期間命其再行調查或移交其他司法警察人員調查或移回自行偵查。
司法警察人員無正當理由而不聽從檢察官之指揮或命令，檢察官認構成應受懲戒之事由時，得經所屬檢察官會議決議，依權責將該司法警察人員逕予懲戒或送請懲戒。
強制處分程序應採令狀主義，即所有強制處分皆應由法院以令狀許可。司法警察人員及檢察官除在急迫情況，不及報告法院時，得先暫為緊急處分外，並無任何強制處分權。
、各檢察署應設置檢察事務官，受檢察官之指揮，協助檢察官處理偵查事務，另都會地區之檢察署得配備專屬調查人員，協助檢察官針對特定類型案件進行偵查。
檢察署及司法警察機關應建立發言人制度。承辦檢察官、司法警察人員不得隨意接觸媒體。發言人之發言內容應不得違反偵查不公開原則。
政府除警方之鑑識單位外，應另建立獨立之鑑識單位，負責有關犯罪偵防之鑑識業務，該單位不受檢察機關及司法警察機關之指揮、監督。