第一階段：蒐集問題
要追求頭好壯壯的健康司法，首先就是要「找出問題」，才有辦法往下分析成因，最後找出訓練、強化司法體質的方法。
「司法哪裡有問題呢？」每個人都有不同的想法。一般民眾、法官、檢察官的想法互有差異是很正常的。出過庭的民眾，跟沒有使用過司法的民眾，感覺也會不同。這個階段正是要蒐集不同的人，從不同角度，不同經歷所感受到司法的問題。
此階段蒐集到的問題必定相當多元，並且每個人提出的問題可能會有相互重覆的部分，為了讓蒐集到的問題可以有相當程度的收斂，我們先由民間司改會的申訴中心整理了這幾年當事人最常抱怨的司法問題，供民眾投票。除了這些預先整理的司法問題可供票選之外，民眾也可提出更多的新問題，並且新提出的問題也會成為新的投票項目。
我們使用Discourse開源論壇系統架設論壇，民眾註冊登入後即可留言，論壇版主會與留言者溝通確認其想法，將留言整理成較簡短精準的「一句話」，並避免與已有的問題重覆，新問題在留言者與版主確認後，就會被放入投票項目中。
投票與蒐集問題的時間從平台5/4上線開始，到5/20為一個階段。第二階段的「分析成因」即以此階段蒐集到的問題為優先處理對象。目前第一階段問題列表如下， 其中前12項司法問題已作成分析成因報告。
第一階段司法問題列表（因平台為即時投票，故票數可能變動）：
- 偵查中的不當報導，造成輿論公審（票數1363）
- 媒體未確實查證做出錯誤報導，傷害司法與當事人（票數1359）
- 受刑人出獄後謀生困難，再犯率高（票數1131）
- 民眾不熟悉司法運作實務，對司法運作方式產生誤解（票數1124）
- 弱勢族群在司法中需要更多協助（票數1085）
- 法官檢察官案件量負擔大，辦案品質受影響（票數1043）
- 缺乏明確客觀審查標準以淘汰真正不適任的司法官（票數872）
- 遇到官司民眾常不知該怎麼辦（票數866）
- 有些警察是執法人員自己卻不守法（票數841）
- 司法誤判造成當事人二度傷害（票數808）
- 法學教育培養出只會考試的法律人（票數747）
- 有些法律不正當，也有些最高法院判例決議與社會脫節（票數728）
- 官司拖太久，打官司也要花很多錢（票數702）
- 司法單位應加強與人民溝通，增進透明度（票數684）
- 被害人的權益不被司法重視（票數675）
- 檢察官的起訴書、不起訴書等文件，應該公開（票數588）
- 有些法官檢察官開庭態度不佳 票數：554
- 司法程序不嚴謹，侵害當事人權益 票數：548
- 有些法院判決與一般大眾的期待有落差 票數：449
- 應加強大法官釋憲的效率 票數：390
- 死刑確定後，應保障合理的上訴、救濟期間 票數：372
- 應全面檢討毒品政策，以妥善處理毒品犯罪問題 票數：313
- 法律文書應盡量使用清楚易懂的格式與書寫方式 票數：302
- 應全面檢討威權獨裁時期的司法官、判決與不當作為 票數：257
- 有些律師拿錢卻沒好好辦事 票數：253
- 部分司法案件配合政治辦案 票數：251
- 部分鑑識人員職業素養不足，間接造成誤判或冤獄 票數：121
- 應說明司法程序中揭露的當事人隱私資料目的為何 票數：64
- 法官、檢察官應有管道要求檢討不適當法律 票數：20
- 獄政管理必須透明化，並建立第三方監督機制 票數：19