若犯罪嫌疑人或律師本身發現指認程序有爭議，可以考慮的應對方法，是徵得犯罪嫌疑人同意後，要求警方依警察機關實施指認犯罪嫌疑人程序要領及最高法院判決意旨重新進行指認。例如：警方先前僅以照片供證人指認，在證人的記憶尚未遭污染的前提下，就可以考慮重新進行指認。
若不要求重新指認，律師應準備在之後的訴訟程序中，對警方有無依警察機關實施指認犯罪嫌疑人程序要領進行指認提出質疑。